ora nel gestore pacchetti c'è virtualbox 4.1,ma se lo segno per l'installazione,dice che mi disinstalla virtualbox 4.0,come faccio ad aggiornare?
Vai tranquillo, te l'avevo già detto che ti rimuoveva il vecchio...

gli aggiornamenti di versione avvengono per sostituzione del programma, cioè il programma viene rimosso e sostituito dal nuovo, ma non i file di configurazione e i dati degli utenti, quindi al riavvio ti ritroverai le tue macchine virtuali e i tuoi dati così come li avevi lasciati. Ricordati poi di aggiornare anche le guest addiction (ma te lo dirà il programma stesso al riavvio, c'è una semplice procedura guidata tipo ok, ok, ok ecc.ecc.).
Visto comunque che hai tanta paura di perdere i dati, fatti una copia a mano dei file .vdi come dice Morfeo.
Ciao