Se non risolvi, e lo scopo è quello di "ricopiare" il sistema virtualizzato su una macchina reale, potresti creare un elenco dei pacchetti installati su Virtualbox con
dpkg --get-selections > /home/tuonomeutente/elenco_pacchetti_installati
fare un'installazione minimale da netinstall sulla macchina reale e poi dargli in pasto l'elenco che hai creato con
dpkg --set-selections < /home/tuonomeutente/elenco_pacchetti_installati
apt-get -u dselect-upgrade
stando ben attento al fatto che il sources.list della macchina reale sia uguale a quello della macchina virtuale.
Ciao