Siccome quei cluster, sono nella partizione di Windows, posso mettere Windows in una qualunque altra partizione primaria, anche se non è la prima?
So che windows puo dare alcuni problemi se non si trova nella prima partizione primaria del primo disco rigido, ma con il suo boot loader, quello nativo della microsoft per win..., forze con grub, lilo o con quello che usi per avviare gli OS è diverso

.
Ma comunque i cluster danneggiati ti danno problemi di avviamento o di funzione del sistema operativo?, per che c'è un modo per "isolarli" da windows stesso, visto che il problema c'è l'hai li...

, comunque il metodo (e vado a memoria) è:
In win, clicca su la partizione, (in questo caso la partizione affetta sarà
C: per forza di cose?), con il tasto destro del mouse e scegli proprietà, nella finestra che appare scegli "strumenti" o qualcosa del genere, credo sia la seconda scheda da sinistra verso destra, lì, dipendendo dalla versione windows che hai, ci dovrebbero essere tre opzioni; di cui una dovrebbe essere "controlla disco per trovare settori danneggiati", le altre sono deframmentazione e non ricordo bene l'altro.
A dopo

P.S:ho controllato

, e la seconda scheda della finestra delle proprietà del disco implicato, "strumenti", poi la prima voce "Scan disk".