Reinstallare ubuntu in questo caso mi sembra un po esgerato, di solito lo si fa in situazioni disperate (e questa non mi sembra una di quelle).
Per la guida basta che avvii la live di ubuntu con l'hd esterno scollegato, monti la partizione di ubuntu, apri una shell come amministratore e digiti:
"grub-install /dev/sdaXXX(nome del device della partizione) /media/sdaXXX(cartella in cui reinstallare il bootloader)" dopodiche se l'installazione ha successo, sempre con la stessa shell, avvii "grub" e digiti
"root (hd0,x)" dove x è il numero della partizione
e poi "setup (hd0)"
Se tutto va bene dovresti avre l'hard disk interno di nuovo funzionante.

PS: Per sapere il nome della partizione usa Gparted già incluso nella live di ubuntu.
Ciaaaaooooo