Per prima cosa bisogna distinguere tra applicazioni a riga di comando e grafiche. Nel primo caso è necessario modificare il file /etc/rc.local (o /etc/rc.d/rc.local), mentre per quelle dotate di interfaccia grafica, bisogna intervenire sulla configurazione del desktop (KDE, Gnome o altro). Questo accade perché /etc/rc.local esegue i comandi inseriti al suo interno sempre prima di aver eseguito il processo che avvia l'ambiente desktop, per cui non è in grado di eseguire programmi grafici. Supponiamo di voler eseguire il database MySQL automaticamente al boot. Il comando per farlo, oltre a quelli previsti alla distribuzione in uso, è mysqld_ safe &. Questo si trova nella directory /usr/bin/mysqld_safe, quindi, per eseguirlo basta aggiungere la riga /usr/bin/mysqld_safe & in /etc/rc.local, facendo attenzione a posizionarla prima della voce exit 0. Per quanto riguarda i programmi grafici, la procedura è diversa. Supponiamo di essere in KDE e di voler eseguire Gimp (/usr/bin/gimp). Il modo più diretto per farlo è creare un link simbolico nella directory .kde/Autostart presente nella propria home:

 ln -s /usr/bin/gimp

/home/username/.kde/Autostart

Il punto posto davanti a KDE indica che si tratta di una directory nascosta e, ovviamente, bisogna sostituire la stringa username, con il nostro nome utente. Per farlo graficamente avviamo Konqueror, spostiamoci nella nostra directory home, selezioniamo Visualizza/ Mostra file nascosti e andiamo in .kde/Autostart. Apriamo il menu principale di KDE, selezioniamo l'icona del programma da avviare in automatico e trasciniamola nella cartella .kde/Autostart. Infine, scegliamo Copia qui o Collega qui. Per eliminare un programma dall'esecuzione automatica basta eliminare il relativo link da: .kde/Autostart. Per quanto riguarda Gnome scegliamo Amministrazione/ Preferenze/Sessioni e, in Programmi di avvio, premiamo su Aggiungi. Inseriamo nome, commento ed eseguibile del programma da avviare.