Così come accade per i file manager grafici, anche la shell offre un sistema di controllo che consente di visualizzare un avviso per chiedere conferma prima di cancellare o sovrascrivere effettivamente un file o una directory. I comandi per eseguire questo genere di operazioni sono rm (rimozione), cp (copia) e mv (spostamento). In genere, eseguendo questi comandi su un file o su una cartella, vengono immediatamente cancellati o copiati nella nuova posizione, purtroppo senza prima chiedere conferma. Così facendo, però, spesso si eliminano o si sovrascrivono, senza volerlo, file o directory importanti. Per fortuna la soluzione c'è ed è possibile applicarla utilizzando due tecniche differenti. La prima consiste nel passare l'opzione -i sulla riga di comando: ad esempio, supponendo di voler cancellare il file test.txt presente nella directory corrente, il comando diventa rm -i test.txt. La stessa cosa accade con mv e cp, basta semplicemente utilizzare l'opzione -i. In alternativa, per evitare di dover scriverla ogni volta, è possibile creare un alias per ognuno dei tre comandi nel modo seguente:

alias cp="cp -i"

alias mv="mv -i"

alias rm="rm -i"

Per fare in modo che la modifica sia disponibile per tutti gli utenti (globale), bisogna aggiungere le tre righe precedenti alla fine del file /etc/profile, mentre aggiungendole nel file .bash_profile la nuova configurazione riguarderà solo il nostro utente (si tratta di un file nascosto, notate il punto prima del nome, presente nella directory home di ogni utente).